Gra "Aeon Flux" bazuje na kreskówce, która w 1995 r. była wyświetlana na kanale MTV. Akcja osadzona jest w odległej przyszłości, kiedy to rasa ludzka zdziesiątkowana przez groźnego wirusa schroniła się pod ogromną, szklaną kopułą... Gracz wciela się w postać kobiety, bardzo dobrze wytrenowanej i niebezpiecznej zabójczyni. W zasadzie to jedyna informacja pewna, jaką wiemy na temat głównej bohaterki. Pracuje ona dla różnych stron, zarówno dla ludzi złych jak i dobrych. Gra jest tak skonstruowana, że w momencie, kiedy gracz ma się dowiedzieć czegoś o "Aeon Flux", etap gry się kończy. W ten sposób autorzy przykuwają uwagę gracza na wiele godzin i zapewniają świetną zabawę. Główną bohaterkę obserwujemy z perspektywy trzeciej osoby. Przeciwników można zabijać na wiele spektakularnych sposobów. Twórcy w głównej mierze postawili na walkę wręcz, choć ilość broni jest bardzo duża.