W roku 2011 tajemnicza choroba zabija 99% ludności na Ziemi. Ci, którzy ocaleli, jednoczą się pod władzą Kongresu Naukowego i budują miasto-państwo pod nazwą Bregna. Od świata zewnętrznego Bregna oddzielona jest wielkim murem. Życie toczy się tam spokojnie, a ludzie czują się bezpiecznie. Ale każdy ideał ma swoją cenę.  Z każdym rokiem coraz więcej mieszkańców Bregny znika w niewyjaśnionych okolicznościach - nikt nie zadaje pytań dlaczego. Aeon Flux (Charlize Theron), najlepsza agentka podziemnej organizacji rebeliantów pod nazwą "Monican", zostaje wysłana przez swoją przełożoną Handler (Frances McDormand) na misję specjalną. Aeon ma zabić jednego z głównych członków Kongresu, Trevora Goodchilda (Marton Csokas). W czasie swojej misji Flux dowiaduje się, że nic nie jest takie na jakie wygląda.

Akcja "Aeon Flux" rozgrywa się w przyszłości odległej od dnia dziesiejszego o ok. 400 lat, kiedy to świat pustoszy tajemniczy wirus. Jednynie odcinające się od reszty świata państwo Bregna, rządzone przez Zgromadzenie Naukowców, opiera się działaniu mikroba. Aeon Flux (Charlize Theron), najskuteczniejszy agent monikańskiego podziemia, dowodzonej przez Handler (Frances McDormand), zostaje wysłana z misją zlikwidowania szefa rządu Bragny - Celeborna (Marton Csokas). Podczas wypełniania swojej misji Aeon odkrywa świat pełen tajemnic, który sprawi, że nic nie będzie dla niej już takie, jak przedtem.

Film oparty na popularnej kreskówce MTV "Aeon Flux". Jego akcja rozgrywa się w odległej przyszłości, kiedy to tajemnicza choroba spustoszyła Ziemię i uśmierciła większą część ludności. Nienaruszone zostało za to miasto Bregna, którym rządzi grupa naukowców. Charlize Theron gra tytułową rolę kobiety - szpiega, bezwzględnej i seksownej. Jej kolejna misja sprawia, że zaczyna odkrywać mroczne sekrety współczesnego świata.

Rok 2011. Tajemnicza choroba wybija 99% populacji. Na Ziemi pozostaje tylko 5 milionów ludzi. Znany naukowiec Trevor Goodchild znajduje lekarstwo na chorobę.

Rok 2020. Ci, którzy przetrwali tworzą ogrodzone murem miasto. Nazywają je Bregna.

Rok 2079. Świat na zewnątrz Bregny zostaje zdominowany przez dziką przyrodę. Mur coraz bardziej odgradza Bregnę od świata zewnętrznego.

Rok 2350. Naukowcom udaje się osiągnąć coś niezwykłego. Wszelkie zanieczyszczenia znikają.

Rok 2394. Bregna jest w stanie wykorzystywać ponownie w 100% zasoby naturalnego środowiska. Staje się szczytem osiągnięć ludzkości.

Rok 2400. Coraz więcej mieszkańców znika w niewyjaśnoinych okolicznościach. Nikt nie zadaje pytań.

Rok 2410. Rządzące Zgromadzenie Naukowców uspokaja; wszystko jest pod kontrolą.

Rok 2415. Mówią nam, że przyszłość jest piękna. Dzielimy razem idealne życie.
Ale...
Idealne życie potrzebuje idealnych ludzi.
Są jednak wciąż tacy, którzy się sprzeciwiają. Wśród nich jest monikański ruch oporu. I Æon Flux. Właśnie wyruszyła na misję, która odmieni całe jej życie...

Aeon Flux (Charlize Theron) jest rebeliantką która pragnie obalić rządy władcy Trevora Goodchilda (Marton Csokas), którego rodzina sprawuje władze już długie lata. Rebelianci nazywani są Monikanami. Gdy Aeon zostaje przydzielone upragnione zadanie - zabicie Trevora Goodchilda, i jest bliska zemsty za mord na jej ukochanej siostrze, wychodzą na jaw pewne tajemnice. Sprawa relacji miedzi Trevorem a Aeon ulega diametralnej zmianie...

Połowa XXV wieku. Ocaleni po epidemii morderczego wirusa, schronili się w jednym ocalałym mieście, Bregnie. Rządząca kasta, złożona z naukowców, sprawuje rządy w okrutny i despotyczny sposób. Opiera się im garstka ludzi, wśród nich jest Aeon Flux (Charlize Theron), świetnie wyszkolona agentka podziemia. Po tym, jak agenci rządowi zamordowali jej rodzinę, poprzysięgła zemstę rządzącym. Teraz czeka ją niezwykle trudna misja - dostaje zadanie zgładzenia lidera Bregny, Trevora Goodchilda (Marton Csokas).

Za 400 lat światem będzie rządzić totalitarny reżim, stojący na straży społeczeństwa pozornie idealnego - bez przemocy i wojen. Ale czy to idealne życie nie jest w istocie idealnym kłamstwem? Kiedy agenci rządowi mordują siostrę (Amelia Warner) Aeon Flux (Charlize Theron), pragnie ona zemsty. Ale zanim osiągnie swój cel, odkryje tajemnice, które mogą zagrozić władzy. Prywatna zemsta zejdzie na dalszy plan, gdy Aeon znajdzie się wśród przywódców spisku, który ma na celu ujawnienie kłamstwa na skalę światową.

Niedaleka przyszłość. Tajemniczy mikrob zabija prawie wszystkich ludzi. Gdy naukowiec Trevor Goodchild (Marton Csokas) znajduje lekarstwo uodparniające na zarażenie na Ziemi, pozostaje tylko 5 milionów żyjących. Ci, którzy przetrwali, tworzą ogrodzone murem miasto, które nazywają Bregna. Za jego murami życie toczy się spokojnie, ludzie czują się bezpiecznie.
Jednak z każdym rokiem coraz więcej osób znika w niewyjaśnionych okolicznościach. Rządzące Zgromadzenie Naukowców, na czele którego stoi Goodchild uspokaja, twierdząc, że kontroluje sytuację. Są jednak tacy, którzy nie dają temu wiary i wkrótce przeciwko dyktatorskim rządom naukowców zawiązuje się spisek. Na czele podziemnego ruchu rebeliantów, zwanego "Monican" staje Handler (Frances McDormand), która przygotowuje specjalnie szkolonych agentów. Jednym z nich jest Aeon Flux (Charlize Theron), która jako mała dziewczynka straciła najbliższych i odtąd marzyła o zemście. Jako perfekcyjnie wyszkolona agentka podziemia stała się profesjonalną maszyną do zabijania. Gdy zapada decyzja o zgładzeniu przewodniczącego Zgromadzenia Naukowców, może powiedzieć, że na tą misję czekała całe swoje życie, udowadniając, że tylko ona może z powodzeniem ją przeprowadzić. Ale nawet ona nie podejrzewa, jak w rzeczywistości zorganizowany jest świat Bregny. To, co odkryje w trakcie wykonywania zadania podkopie jej wiarę w sens idei, dla której się poświęca.

Wytrenowana do mistrzostwa. Zabójczo skuteczna. Zdobywczyni Nagrody Akademii Charlize Theron w roli Aeon Flux, bojowniczki podziemia walczącego w 25 stuleciu z totalitarnym rządem ostatniego miasta na powierzchni Ziemi.
Aeon jest ostatnia nadzieją rebeliantów na obalenie sterylnie "idealnego" modelu społecznego. Ale gdy zostanie jej zlecone zabicie przywódcy rządu, Aeon znajdzie się w samym środku splątanej sieci intryg i odkryje sekrety, które odmienią losy świata.

Niedaleka przyszłość, tajemniczy wirus zabija 99% populacji ludzkiej, pozostała jej część tworzy Bregne - na pierwszy rzut oka miasto doskonałe, rządzone przez naukowców - Goodchildów. Od pewnego czasu zaczynają się tam dziać dziwne, przerażające rzeczy - znikają jej mieszkańcy, rząd próbując to ukryć uspokaja ludność. Nie wszyscy jednak w to wierzą... W Bregnie powstała grupa rebeliantów, noszących nazwę Monikanie - jedną z nich jest najlepsza agentka Aeon Flux (Charlize Theron), jej kolejna misja polega na zabiciu Trevora Goodchilda (Marton Csokas), przywódcy Bregny - dla Aeon jest to zemsta, ponieważ myśli ,że to on zabił jej ukochaną siostrę (Amelia Warner). Lecz sprawa komplikuje się gdy Aeon poznaje swoją przeszłość i największą tajemnice Bregny.